macOS を Mojave から Catalina にアップグレードしたところ、rstan のコンパイルエラーが出るようになってしまった。
試行錯誤のすえ、次の手順でうまく使えるようになった。
XCode が入っている場合は、アンインストールしておく。
まず、R と RStudio を一度完全にアンインストールしてから、再度インストールする。
アンインストールには AppCleaner を使用。
R は、ここから R-3.6.1.pkg をダウンロードしてインストール。RStudio は最新版(Version 1.2.5042)をインストールした。
RStudio から念のために古いバージョンの rstan を削除して、
remove.packages("rstan")if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")
rstan をインストールする。
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)
このとき、次のような画面が出てきて、
[Yes] をクリックしてしまうとこんなページ
に飛ばされてしまうのだが、ここは無視しておく。
CRAN から clang-7.0.0.pkg をダウンロードし、インストールする。(ダウンロードだけで1時間くらいかかった。)
これだとうまくコンパイルできなかったので、ターミナルから
xcode-select --install
と入力してコマンドラインツールをインストール。(なぜか1回目は必ず失敗する。2回目で成功。)
RStudio で
pkgbuild::has_build_tools(debug = TRUE)
を実行すると TRUE
が返ってきて、コンパイラが正常にインストールされたことがわかる。
ここまできたら、RStudio を終了して、マシンを一度再起動にかける。
理由はよくわからないが、とりあえずこれでうまく動くようになった。